1985'te Karaca, arkadaşı Mehmet Barı aracılığıyla Başbakan Turgut Özal ile görüşerek, ülkeye geri dönme isteğini bildirdi ve Münih'e gelen Özal ile konuştu. Turgut Özal'ın olumlu yanıt vermesi ile hukuki işlemler başlatıldı. Yıl sonunda vatandaşlıktan çıkarılmasına sebep olan davadan beraat etti. 1987'de de hakkında verilen gıyabi tutuklama kararı kaldırıldı. 29 Haziran 1987'de Cem Karaca, Türkiye'ye döndü. Aynı yıl Merhaba Gençler ve Her Zaman Genç Kalanlar albümünü çıkardı. Bu albüm o senenin en çok satan albümlerinden biri oldu. 1988'de bu albümü Töre takip etti. Bu albüm sonrası Cem Karaca, yıllar boyunca yasaklı olduğu TRT ekranlarına da çıkmaya başladı.
Cem Karaca, arkadaşı Uğur Dikmen ve Cahit Berkay ile müzikal ortaklık kurarak Yiyin Efendiler albümünü yayınladı. Bu albümdeki "Oh be" şarkısında, kendisini "dönek" diye adlandıranlara cevap olarak "Ben döneksem döndüm diye memleketime / Döndüm baba döndüm işte oh be" diyerek cevap verdi. 21 Temmuz 1990'da sözlerini kendi yazıp, bestesini Cahit Berkay'ın yaptığı Kahya Yahya şarkısı ile Altın Güvercin en iyi şarkı ödülünü kazandı. Bu dönemde Sosyaldemokrat Halkçı Parti(SHP) için konserlere çıktı.
Karaca, 1992'de UNICEF için hazırlanan ve İbrahim Tatlıses, Ajda Pekkan, Muazzez Abacı, Leman Sam, Fatih Erkoç gibi ünlü isimler korosunun seslendirdiği "Sev Dünyayı" şarkısının sözlerini yazdı ve koroda da yer aldı. 22 Temmuz 1992'de annesi Toto Karaca hayatını kaybetti. Yılın sonlarına doğru Dikmen ve Berkay ile ikinci çalışması olan Nerde Kalmıştık? albümünü yayınladı. "Raptiye Rap Rap" ve "Islak Islak" besteleri ile büyük başarı yakaladı. Aynı albümdeki Karabağ eseriyle de Karabağ sorununa dikkatleri çekti ve "İki gözüm;bu işin yok sağı solu" diyerek toplumun tüm kesimlerini duyarlı olmaya çağırdı
Bu albümden sonra Cem Karaca, bir süre müzikle aktif olarak ilgilenmedi. 1994'te TRT'de Raptiye adlı programı sundu. 1995'te ise Flash TV'de Cem Karaca Show'u, 1996'da aynı kanalda "Efendime Söyleyeyim" programını yaptı. 95'te bir sanatçı grubu ile Bosna-Hersek'e gidip, savaş sonrası zor durumda olan Bosnalılara destek verdi.
Bu dönemde son evliliğini İlkim Erkan(Karaca) ile yapan Cem Karaca’nın müziğe geri dönüşü 1997'nin sonunda vizyona giren Ağır Roman ile oldu. Filmin yapımcısı, eski Apaşlar gitaristi ve Karaca'nın dostu Mehmet Soyarslan'nın yazdığı, 1968'de Cem Karaca'ya ün getiren "Resimdeki Gözyaşları"nı, Karaca film için yeniden kaydetti. Sanatçı ; 1999'da Cahit Berkay, Engin Yörükoğlu, Ahmet Güvenç ve Uğur Dikmen'in desteğiyle "Bindik Bir Alamete..." isimli albümünü çıkardı. Aynı albümde yayınlanan ve Anadolu Pop-Rock türünün bir başka önemli sesi Selda Bağcan’la beraber okuduğu Hudey Hudey, Kerkük Zindanı ve Allah Yar da albümün epey ses getiren diğer çalışmalarıdır. 2000'de Cem Karaca'nın da rol aldığı Kahpe Bizans'ın müziklerinin bazılarını seslendirdi. Bu filmin de yapımcısı olan Soyarslan'ın yazıp Apaşlar zamanında Dede Korkut'tan esinlenip Sadık Bütünay ile kaydettiği ama yayınlamadığı şarkıları Cem Karaca seslendirdi.
Şubat 2001'de Murat Töz, Barış Göker ve Cengiz Tuncer ile Cem Karaca Trio olarak sahne almaya başladı. Mayıs 2001'de ise Barış Manço'nun ölümü ile vokalistsiz kalan Kurtalan Ekspres ile beraber çalmaya başladı. Harbiye Açıkhava Tiyatrosu Konserleri'nde sahne aldılar. 2002'de Yol Arkadaşları adlı grubu kurup yine onlarla sahne aldı. 8 Şubat 2004 sabahında, solunum ve kalp yetmezliğine bağlı olarak ağır bir kalp krizi geçirdi. Uygulanan tüm müdahalelere rağmen kaldırıldığı Bakırköy Acıbadem Hastanesi'nde 58 yaşında hayata gözlerini yumdu. Karaca, 9 Şubat 2004'te ikindi vaktinde Üsküdar Seyyit Ahmet Deresi Camii'nde kılınan cenaze namazın ardından Karacaahmet Mezarlığı'nda babası ile aynı mezara defnedildi. Vasiyeti gereği alkışlarla değil tekbirlerle uğurlamıştı.
Ölümünden önce kaydettiği son şarkılar ancak ölümünden kısa süre sonra yayınlandı. İlk önce "Hayvan Terli" teklisi yayınlandı. Mehmet Eryılmaz'ın bu şarkısına Karaca'nın bir bar programında bu şarkıyı söylerkenki görüntüleri ile klip çekildi. Mayıs 2005’de, ölümünden 10 gün önce (2004) Mahsun Kırmızıgül ile kaydettiği "Hayat Ne Garip?", Kırmızıgül'ün Sarı Sarı albümünde yayınlandı. Murathan Mungan'ın sözlerini yazdığı şarkıların yeni yorumlarından oluşan "Söz Vermiş Şarkılar" albümünde Yeni Türkü'nün "Göç Yolları" eserini yorumlamış ve albüm Haziran 2005'te yayınlanmıştır.
Cem Karaca’yı vefat yıldönümünde tekrardan sevgi,saygı ve rahmetle anıyoruz.
